百花校区综合办公室是管理百花校区的综合职能部门。主要负责组织召开百花校区工作会议，传达学校各项工作要求和精神，组织执行会议的决定，安排部署工作；完成百花校区的常规教学、教研活动，抓好学生政治、思想、道德、法制和心理健康等日常德育工作；做好学生学籍的登记、注册等及档案管理工作，组织好每周晨会、升旗仪式及团委学生会等工作等；保证百花校区的办公、教学需要，配合处理学校各类综合性事务。